同时在这段期间,他也发表了许多与生物统计相关的论文,包括《孟德尔遗传假定下的亲戚之间的相关性》(The Correlation Between Relatives on the Supposition of Mendelian Inheritance)。这篇论文在1916年完成,并在1918年发表,它同时建立了以生物统计为基础的遗传学,以及著名的统计学分法变异数分析(analysis of variance,简写为ANOVA,也称方差分析)。除了建立统计方法,这篇论文也显示,一些具有连续性变异的遗传特征,可以符合孟德尔遗传定律。在此以前,两者被科学家认为是互相违抗。
罗森斯得实验站时期
1918年战争结束之后,原本皮尔森邀请他进入当时著名的高尔登实验室(Galton Laboratory),但是由于费雪认为自己与皮尔森之间的竞争关系是一种职业障碍,因此放弃了这个机会。直到1919年,费雪才选择进入一所名为罗森斯得实验站(Rothamsted Experimental Station)的农业试验所。这间农业试验所,位在英格兰赫特福德郡(Hertfordshire)的哈平登(Harpenden)。费雪除了在其中担任一名统计员之外,所长约翰·罗素(John Russell)也让他设立了一个统计实验室。
之后费雪便开始对多年来所收集的大量资料进行深入研究,并且将成果写成一系列题为《收成变异之研究》(Studies in Crop Variation)的论文。他的全盛时期也在这时候开始。
接下来的几年中,费雪开始构想新的统计方法,如实验设计法(design of experiments)。1925年,他的第一本书出版,书名为《研究者的统计方法》(Statistical Methods for Research Workers)。到了1935年,延续本书的《实验设计》(The Design of Experiments)出版。两本书建立了实验设计法的基础,并受到多次翻译与再版。
除了新的统计方法,费雪也将先前的变异数分析研究进行补强与修饰,因而发明出最大似然估计,并发展出充分性(sufficiency)、辅助统计、费雪线性判别(Fisher's linear discriminator)与费雪资讯(Fisher information)等统计概念。1924年